肥料中與環境污染較 相關者為氮與磷肥。施用氮肥若過量，沒有被作物利用完全，則很快會被土壤中硝化細菌轉化硝酸態氮，硝酸態氮隨著水份向下滲入進入地下水層，如果飲用水係採 用地下水時，則就安全堪慮。剛出生到六個月大的嬰兒，若營養攝取吸收過多的硝酸態氮則會引起「藍嬰症」;硝酸鹽在代謝中轉成亞硝酸鹽，亞硝酸鹽進入血液，氧化血紅素中的二價鐵 成三價鐵，降低血紅素攜氧能力，造成氧氣不足，引起嬰兒窒息。
另外亞 硝酸鹽（標準值0.1ppm以下）類進入人體代謝中會與次級胺結合，一般咸信可能導致胃癌。所以環保嚴格者如德國規定排放水中硝酸鹽含量被要求在5ppm 以下，國內飲用水標準則在10ppm以下 (3)。另外大量的施肥如硫銨則會引起土壤變酸，引起土質低劣，改變樹頭裡面的土壤微生物相，降低土壤肥力。坡地作物或果樹栽培等超施磷肥，或是磷肥在裸 露的地表被水沖刷進入水源系統，由於磷亦為微生物生長所必須，營養元素進入水源系統，改變了原有的營養平衡，優養化的結果，造成微生物偏頗優勢生長，而消 耗水中溶氧，抑制其他種傲生物生長，結果惡化了水質。台灣本土依據環保署的資料，僅還有少數兩、三座的水庫沒有被汙染而已。
自二次大戰以來，由於 石化能源、機械、化學肥料、植物及動物的保護藥物或生長素、育種及遺傳工程等的使用及演進，使得農業生產方式趨向工業化及密集化，產量的確顯著地增加，解 決了因人口增加而產生的糧食不足，成就了所謂的綠色革命。然而，卻也同時產生了下列問題：
1. 環境之污染及破壞：農藥及肥料之硝酸鹽殘留，以及工業化大量畜養牲畜產生的動物糞尿污染了水及土壤，農藥又會污染空氣，密集的耕種方式亦使表土流失。
2. 生態破壞：單一農產品之密集生產方式及以人類需求為導向的育種與生物遺傳工程，使地球上的物種減少。農田的開發使當地生物之生長環境破壞，生物無法繼續生 存。農田中小動物、昆蟲、鳥類等受農藥及肥料之侵害而死亡。昆蟲、細菌及真菌等也因病蟲害防治藥物的過度及長期使用，而產生抗藥性 (assistance)，對農業生產威脅更大。
3. 食物污染：農藥、肥料、動物用藥及動植物荷爾蒙等之殘留危害了食品安全及人體健康。
4. 開發中國家農產品生產過剩，造成政府在產品價格或農民所得補貼上的財政負擔
5. 已開發國家因致力於生產可供外銷之農產品以賺取外匯，又遭受已開發國家之糧食傾銷 (dumping)，使得其糧食生產減少而糧食供應不足。
6. 因大量使用機械，使得農村人口外移，破壞了鄉村的社會結構，造成了就業市場的壓力，同時也產生了社會問題。
自從農藥（抗生素）發明以來，在對抗植病療法的主流意識中認為：只要把病菌殺光光，自然可治癒疫病。農藥（抗生素）的濫用使植物本體原有的免疫功能下降失 調，也造成病菌升級再升級，終於造就了病菌的猖獗與「無藥可用」的窘境，也使各類植栽越來越容易生病。其實，除了肥料養份均衡之外，環境預 防的提昇也是一個維持植體健康生長的的重要關鍵。一般提昇植體抗疫病的方式以轉接栽植或品種改良為主，有強化抗菌的、亦有刺激植體免疫功能的。而近年來逐 漸興起的栽植環境預防植病學觀念，就比較傾向改善栽植環境、灌溉用水、由瀚東萊國際實業公司專利研發『田王』多功能無機消毒土質改良劑(去除硝酸鹽)來預防細菌抗病能力。
